在1859年，德国鱼类学者彼得·威廉（Wilhelm C.H. Peters）在委内瑞拉首都卡拉卡斯的Rio Guaire地方发现孔雀鱼，因此他成了最早开始描述这种小型淡水鱼的科学家，由于孔雀鱼看来和花鳉属的鱼类很相像，所以彼得·威廉就命名孔雀鱼为孔雀花鳉（Poecilia reticulata）。Reticulata这个词意指孔雀鱼身上部分重叠的鳞片形成蕾丝般的图样（由此推测最早被发现的野生孔雀鱼很可能带有蛇纹基因）。1861年时，西班牙的西尼尔·菲利浦（Senior Filippi）得到一些来自巴巴多斯的孔雀鱼标本，由于他没看到彼得·威廉曾经做过的描述，而误认为自己发现新的属。
西尼尔·菲利浦发现到孔雀鱼看起来和花鳉（Poecilia）十分相似，于是将它称作虹鳉（Lebistes poeciloides）（Frazer-Brunner, 1953），而孔雀鱼这名称则是一直等到英国的传教士罗伯特·古比（Robert Lechmere Guppy）文献中提到的第一个发现孔雀鱼的人于1886年从特立尼达带回一些标本回去鉴定以后，经大英博物馆的阿尔伯特·冈瑟（Albert Gunther）博士鉴定此标本为新的物种，为纪念罗伯特·古比（Robert Guppy），于是就以“古比鱼”（guppy）为孔雀鱼的英文俗名，孔雀鱼的英文名称就此确立。
孔雀鱼的原产地是在委内瑞拉、圭亚那、南美洲的北部海岸地带和一些加勒比海上的岛屿。由于原生的孔雀鱼拥有多种的色彩花样，所以也被大家称为彩虹鱼。孔雀鱼会用它朝上翘的嘴吃掉靠近水面的蚊子幼虫，所以野生的孔雀鱼曾在1930年代，被引进新加坡，来控制红树林沼泽地的蚊子数量（Herre, 1940）。根据各项资料的记载，玩赏改良的孔雀鱼的风气最迟在1950年代就已开始。
中国的孔雀鱼以引进的历史来说，不会超过10年（这里通称的孔雀鱼是以品系孔雀鱼而言）。最初由贸易商引进，大部分的系统来自于日系，少数是德系的系统。事实上中国比赛的规则及饲养风格也大多偏向日本（尤其是纹路系的鱼如草尾、蛇纹、马赛克等）。
在中国玩家争相饲养改良之下，像马赛克、草尾、蛇纹一类鱼只的品质，都有和日本抗衡的实力。实际上像马赛克的发展，和日本就有较大的不同。日本方面认为马赛克尾部要有红、黄、黑三种颜色构成。台湾方面则以偏好红底黑纹或蓝底黑纹的颜色。尾部和尾鳍多彩较丰富。
在自然界中，有蓝色色泽的个体一般来说是偏少的。筒井良树（日本著名孔雀鱼职业改良者，曾参加过草尾品系初期的改良工作）自1996年将莫斯科蓝（一种孔雀鱼表现型）系统引进到日本之后，造成相当大的风潮。一度饲养的人可能多达孔雀鱼玩家总数的50%以上。比赛时单色组往往是一整片莫斯科蓝的天下。然而由于饲养人口众多满，又该种鱼只体型较大，易于饲养，造成整个价格的崩盘。在众多饲养者无利可图的情况下，又慢慢的退却了。
在台湾，常常会有一窝蜂赶流行的情形发生。等到流行一过，遗留下来的破坏往往非当初引进者所能想到。人工育成出的孔雀鱼极难于自然界中生存。由于孔雀鱼算是多产的物种（一胎多达40-60只）在玩家细心的照料下，可以全数育成，生产周期只有22-26天，对孔雀鱼付出越多心血，越能得到漂亮的鱼只。