不少鱼友对硝化细菌的认识产生了一定的误解，有的人认为硝化细菌能够分解粪便；有的认为可以净化水质，中和水中的悬浮物，这些认识是不准确的，或者可以说是错误的，硝化细菌是生产者。
第一步：
鱼类的排泄物和未吃过的食物将会转变为氨（俗称阿摩尼亚）；那是因为在这些东西里需要氧的细菌会令蛋白质分裂。而氨是有毒的。
第二步：
生存于氧气中的硝化细菌，能把氨会转变为亚硝酸盐（NO2）；亚硝酸盐虽然含较少的毒素，但仍对鱼类有致命的毒害。
第三步：
亚硝酸盐及后又被第二种硝化细菌转变为硝酸盐（NO3）；而这硝酸盐几乎是无毒的，但突然或长期暴露在高浓度的硝酸盐里是有害的。但幸运地，硝酸盐的浓度是可以靠更换鱼缸的水来降低。