天然水体中的细菌包括许多未被命名的种类。所有的细菌都是水生的，因为它们在水中进食和繁殖。(即使是干燥陆地土壤中的细菌也生活在土壤的孔隙水中。)然而，很少有细菌能自由地悬浮在水中；它们大多生活在水中的岩石、沉积物、植物等物体的表面。因此，沉积物中的细菌可能比水中的细菌多上十万个。通常这些细菌不是以单个细胞或纯菌落的形式生存，而是生活在生物膜中——与其他细菌、藻类和原生动物的复杂结合。
水族箱中重要的细菌可以通过它们在代谢过程中使用的化学物质与其他生物进行比较。动物和异养细菌使用有机化合物作为能量，而化学自养细菌使用无机化学物质。大多数生物利用氧气接受电子进行呼吸。
译者注：草缸细菌有好有坏，如大家熟知的硝化细菌。
普通(即异养)细菌对有机物的分解对草缸很重要。有机物含有植物所需要的一切元素，但这些元素被“锁在”大型有机化合物中。异养细菌可将有机物(无论是鱼类食物、植物残骸、死细菌等)转化为植物可以利用的营养物质。
因为有机物总是含有碳，所以二氧化碳总是在分解过程中被释放出来。此外，其他元素，不仅仅是氮、磷、硫和碳，也被异养细菌从它们的有机形式转化为植物营养物质。异养细菌赖以生存的有机物有两种物理形式——颗粒有机碳(POC)和溶解有机碳(DOC)。POC，包括鱼粪便和植物纤维，比体积小得多的DOC更难被细菌消化。（这时真菌和蜗牛是更有用的，因为它们减少了颗粒大小，从而加快了分解过程）。
讽刺的是，我们看不见的DOC在自然系统中通常是一个更大的碳库，而且它是植物获得养分最快的有机物形式。世界河流的平均DOC浓度为5.8mg/l，而平均浓度为5mg/l。500个威斯康辛州的湖泊的平均含量为15.2mg/l。(对于所有天然水域，范围是1-30mg/l。)

草缸中几乎所有的DOC和垃圾都处于不同的腐烂阶段中，但是其养分释放的速度可能相差很大。(异养细菌对于理想的食物和合适的环境有自己的偏好。)DOC包括蛋白质、有机磷酸盐和单糖，在大多数草缸的温暖温度和中性pH值下，它们可能在几个小时内就会被快速代谢。DOC中不易消化的部分，如腐殖质，可能需要数月或更长时间才能被细菌消化。最后，POC在厌氧基质环境中可能没法被完全消化，导致沉积物腐殖质逐渐积累。


好理解的是，细菌会转移部分分解释放出的部分营养物质(20-60%)以合成它们自己的细胞物质。然而，这些细菌也会死亡并自我分解。事实上，湖水在一个二十天的周期中，会有四个独立且参与顺序不同的细菌种群与芦苇分解活动有关。在营养物最终被植物吸收之前，可能会有好几次这样的“循环”。

需要氧气的有氧分解比厌氧分解快得多。因此，分解活动会因为空气与水的混合以及植物的光合作用向水中释放氧气而加快。



大多数细菌偏爱中性的pH值，这样的pH值对分解作用有很大的影响。例如，含有泥炭藓类的沼泽通常是酸性的(pH值为3到4.5)，因为植物本身是酸性的。在这种酸性环境中，细菌的活动和分解相当缓慢。有机物积累，是因为细菌没有将其转化为气体，如甲烷、二氧化碳和氢气。最后结果是泥炭藓类的沼泽逐渐被未消化的有机物填满。

归根结底，生态系统中的分解是许多独立的、正在进行的代谢过程的总和。因此，在湖泊以及既定的草缸中，植物分解和释放营养物质通常是稳定而连续的过程。