甘肃地处青藏高原、内蒙古高原、黄土高原交汇处，分属黄河、长江、内陆河三大流域九个水系，鱼类资源较为丰富，甘肃有鱼类品种100种以上,经过鉴定查明的有79种,隶属4目8科。主要经济鱼类有26种,细鳞鲑、瓦氏雅罗鱼、北方铜鱼、多鳞铲颌鱼、赤眼鳟、圆吻鮈、中华倒刺鲃、白甲鱼、瓣结鱼、唇、花、圆筒吻鮈、大鼻大鮈、花斑裸鲤、祁连山裸鲤、黄河裸裂尻鱼、重口裂腹鱼、鲤鱼、鲫鱼、黄鳝、似鲶条鳅、鲶鱼、黄河鮈、宽口光唇鱼、餐条、极边扁咽齿鱼、厚唇重唇鱼等。土著鱼类中的中国特产种类达５５种，其中秦岭细鳞鲑、北方铜鱼、厚唇重唇鱼等是甘肃稀有名贵品种。

受自然灾害、水环境污染、过度捕捞、外来物种侵袭等影响，甘肃土著鱼类生存环境受到破坏，许多物种濒临灭绝。

为保护土著鱼类，近年来甘肃开展了对兰州鲶、秦岭细鳞鲑、黄河鲤鱼、厚唇重唇鱼、极边扁咽齿鱼、黄河裸裂尻鱼等的人工驯化、养殖和繁育，连续多年开展增殖放流活动，还建立了刘家峡水库等多个国家级水产种质资源保护区。