三线短鲷精心饲养两个月后，相信就能看到配对的情形，雄鱼在发情的时候，身体上的三条线纹将退去，取而代之的是全身散发出金属般的光芒，高涨的背鳍及好动的性情。待一切皆成熟后，雄鱼将领着雌鱼进洞房，它们喜欢产卵于洞穴或其它隐蔽处的上缘，每次约有80～100粒鱼卵。产卵结束以后建议尽快把雄鱼移开，免得分散雌鱼照顾卵的精力。产卵后2～3天孵化，孵化后两天具有游泳能力，再过一两天就可以投喂幼鱼的专用饲料，丰年虾的无节幼虫或蛋黄，度过了幼鱼期最具考验的前10天，就可以尝试喂各种微小的活料。